北京十二中科丰校区位于丰台区西四环南路93号，现有35个初中教学班，近1300名学生。科丰校区与本部初中统一管理。学校积极探索和实践2+1+3的直升培养模式，为学生量身定制中学六年培养计划。校区之间联合开展大教研活动，教师跨校区代课和开设选修课已经成为常态。管乐团、民乐团、合唱团、运动队混合编组训练，竞赛辅导、天文社团、科技活动、学生辩论赛、云班会、名师讲堂、学科拓展联合举行。科丰校区的模拟人大社团活动、废纸换新本活动成为学校标志性品牌活动。